1993年6月，甲公司以拟开设A餐厅需要资金为由，向乙公司借款。方某当时担任乙公司经理，经与公司领导班子的其他成员（刘某、田某）集体研究，同意出借给甲公司50万元，期限为半年。6月21日，乙公司与甲公司签订了借款协议。
在乙公司向甲公司陆续划出35万元借款后，方某经调查研究判断甲公司拟投资餐饮项目的风险较大，遂决定提前终止借款协议，并要求甲公司立即归还借款。但是，9月20日，甲公司向乙公司书面追究违约责任，不仅拒绝归还借款，反而还要求乙公司承担违约责任，赔偿损失。
此后，方某曾以个人急需资金为由从甲公司负责人单宝岭处追回7万元交给乙公司。但单宝岭本人又于1996年1月被逮捕，并于此后被判刑。甲公司也资不抵债。至此，乙公司的其余28万元借款本金实际上已不再可能追回，该笔债权成为坏账。
由于上述借款发生纠纷，无望收回，为掩盖这一工作失误，以免个人前途受到影响，自1993年11月起，方某与田某商议，以乙公司B商店的名义，先后在甲市A区C信用社和甲市B区D信用社开立账户，设立公司小金库，陆续截留一部分乙公司应收款用于平账。
这两个账户已于1997年6月以前陆续清户。清户以前共计截留公款 312,744.76元。其中的28万元确已用于弥补甲公司不能归还的28万元借款的账面损失。其余3万余元则被方某用于公司公务支出。
方某和田某以贪污罪被提起公诉。起诉书要点为：1. 私设商店账户并截留公款，就是侵吞公款的贪污行为；2. 用小金库中的28万元平账，系代甲公司还款；3. 小金库中的其他资金，被方某和田某两人用于购买电脑、空调、照相机等个人物品。